במחצית השנייה של המאה ה-18 הופכת וילנה למרכז חשוב ביותר ללומדי התורה, מרכז שהדמות המרכזית בה הוא "הגאון מוילנה" (הגר"א). בתקופתו הוטבע כינויה של וילנה – "ירושלים דליטא".
ר' אליהו בן שלמה זלמן, שנודע בכינוי הגאון מוילנה או הגר"א (הגאון ר' אליהו), היה לאגדה עוד בחייו. הגר"א נולד בעיר סעלץ ליד בריסק בט"ו בניסן ת"פ (1720) ונפטר בוילנה בי"ט בתשרי תקנ"ח (1797). על הגאון מוילנה אמרו שלא הניח דבר גדול או קטן בהלכה ובקבלה. היה לו זיכרון מדהים ואמרו עליו ש"כל דברי התורה היו שמורים בזיכרונו כמונחים בקופסה".
הגר"א הטביע את חותמו על דרכי הלימוד של התורה, המונח "גאון" שכינוהו מציין את ההישגים יוצאי הדופן שלו בלימוד התורה. היקף ידיעתו בתורה היה חריג ביותר, הוא עסק בתלמוד בבלי וירושלמי, תוספתא ומדרשי הלכה, עסק גם במדרש ובאגדה, בקיאותו בקבלה הייתה לשם דבר, והוא התבלט כמי שבכוחו לממש את ההתאמה בין הנגלה לנסתר.
עם תחילת עליית החסידות בהנהגת הבעל שם טוב, מוביל הגר"א מאבק ממושך נגד החסידות. המאבק שאותו יזם והוביל הגאון, הוא דוגמה מאלפת לגבי יכולתו של יחיד להשפיע על מהלך ההיסטוריה. יחיד שסמכותו לא הייתה מעוגנת בשום משרה רשמית, הצליח לסחוף את הקהילה של וילנה ובעקבותיה קהילות נוספות.
הגאון נפטר בוילנה בגיל 77 ונקבר בבית הקברות העתיק בוילנה, לימים כשהרסו הרוסים את בית הקברות, העבירו את עצמותיו לבית הקברות החדש, שם נטמן לצד בני משפחתו והגר צדק.
משכילי וילנה פעלו גם לעריכת שינויים בתחום החינוך ובהתנהגותם היומיומית של היהודים. הם נתנו יד חופשית לממשלת רוסיה להפיץ השכלה כללית בקרב יהודי המדינה. בשנת 1847 ייסדה הממשלה הרוסית בוילנה בית מדרש לרבנים על מנת לחנך דור רבנים נאורים כדוגמת רבני גרמניה, בית המדרש שימש לאחר שנים גם כמרכז פעילות סוציאליסטית ליהודים. באותה תקופה זרחה שמשה של הספרות העברית בוילנה.
בתקופת סיפוח שטחי ליטא לרוסיה (1918-1795), תפסה קהילת וילנה מקום נכבד בין הקהילות היהודיות ברוסיה. היא הייתה לא רק אחת הקהילות מרובות האוכלוסין (ב– 1914 היו בוילנה כ- 100,000 יהודים, 42.5% מכלל האוכלוסייה), אלא שימשה גם כמרכז לתנועות לאומיות וחברתיות במדינה.וילנה הייתה מרכז לספרות עברית ויידיש. ישבו בה הוועדים המרכזיים של המפלגות היהודיות ובה נערכו הוועידות המרכזיות. וילנה הייתה ערש התנועה הסוציאליסטית היהודית, בשנת 1897 נוסדה בה מפלגת הבונד. בוילנה ישב גם הוועד המרכזי של ההסתדרות הציונית ברוסיה, ו"חובבי ציון" נועדו בה.
בתקופת מלחמת העולם הראשונה ולאחריה, סבלו היהודים בוילנה מהכיבוש הגרמני שחוקק חוקים מגבילים ליהודים, ומהמאבק בין הפולנים לליטאים על השליטה בעיר. וילנה המשיכה לשמש כמרכז תרבותי פורח, נפתחו בעיר בתי ספר ששפת ההוראה בהם הייתה עברית ויידיש, מכון לשפת היידיש ולתרבות היידיש ותיאטרון ביידיש. הצבא הפולני הצליח לכבוש את העיר בשנת 1920 וגרש את הליטאים מהשלטון. מאותה שנה ועד למלחמת העולם השנייה נשלטה וילנה ע"י הפולנים.
תקופת שלטון פולין הייתה תקופה של פעילות ענפה בשפות העברית והיידיש. באותה תקופה נוסדו בתי מדרש למורים, גימנסיות, בתי ספר, תיאטראות, אגודות תרבות ואגודות ספורט.
בשנים האחרונות שלפני מלחמת העולם השנייה, וילנה המשיכה לשמש כמרכז תורני ליהודים. באוקטובר 1939, מעט אחרי פרוץ מלחמת העולם השנייה, בעקבות הסכם מולוטוב- ריבנטרופ בין הרוסים והגרמנים, עברה וילנה לידי הרוסים והם החזירו את השליטה לליטאים. מוסדות התרבות היהודיים נסגרו, העיתונות נסגרה ורק ביטאון המפלגה הקומוניסטית המשיך להופיע.
באותה תקופה יהודים רבים הגיעו לוילנה ולסביבותיה כפליטים מפולין המחולקת.
ב-24 ביוני 1941 נכבשה וילנה בידי הגרמנים, שהתקבלו בשמחה על ידי הליטאים. יהודי וילנה שמנו כ-70,000 תושבים, נפגעו מייד עם הכיבוש. עם כניסתם של הגרמנים לעיר, נכנסה משאית גרמנית לחצר השולהויף ואנשי הגסטאפו שדדו את כל דברי הערך של בית הכנסת הגדול ורוקנו גם חלק מספריית סטראשון.
עוד בטרם רוכזו היהודים בגטו, נרצחו כ-35,000 מהם בפונאר (יער הסמוך לוילנה). ב- 4 ביולי 1941 נוסדה מועצת היהודים הראשונה (יודנרט) שתפקידה היה לייצג את היהודים בפני הנאצים.
ה"אקציות" נמשכו עד 21.12.41, אז החלה התקופה "השקטה" עד לחודש ספטמבר 1943. בתקופה זו, נמשכו אמנם רציחות של בודדים, אך לא הייתה השמדה המונית. היודנרט ויהודי הגטו ניצלו את הזמן לשיפור וביסוס הארגון הפנימי בגטו. הוקמו בגטו מוסדות חינוך, תרבות, בריאות וסעד. יחד עם זאת המשיכו תושבי הגטו לחיות בפחד מן הבאות, ומחיסולו של הגטו.
הנאצים החלו בחיסול הגטו הגדול של וילנה בספטמבר 1943. ראש היודנרט, יעקב גנס, הפציר בגרמנים לעזוב את הגטו והצליח להשהות את החיסול למשך שבועיים, אחר כך הוא נרצח בידי הגסטאפו לאחר שהואשם בסיוע ל-FPO . באותה עת נותרו כ-12,000 יהודים בגטו.
ב-23 בספטמבר 1943 חיסלו את הגטו הגדול בוילנה: לאסטוניה נשלחו כ– 7000 יהודים, הזקנים והחולים נשלחו לפונאר ושם נרצחו, קבוצות של נשים וילדים נשלחו למשרפות במיידנק, בהתקוממות שהייתה בעת הפינוי נתפסו ארבעה אנשי מחתרת ונתלו במקום.
ב-12 ביולי 1944 שוחררה וילנה על ידי הצבא האדום, עם הכוחות המשחררים נכנסו לעיר גם פרטיזנים יהודים. הניצולים חזרו לוילנה וניסו לשקם את הקהילה, השלטונות הסובייטים לא ראו זאת בעין יפה.
וילנה שאחרי המלחמה
אחרי המלחמה פנו היהודים אל השלטונות הליטאים-סובייטים החדשים, בבקשה לשפץ את בית הכנסת הגדול ב"שולהויף" שהתמוטט חלקית כתוצאה מההפגזות. השלטונות אשר דיכאו כל פעולה שנעשתה לשיקום חיי התרבות והדת היהודית בוילנה, סרבו לאפשר את השיפוץ, אדרבא, הם פוצצו בחומר נפץ את הבניין האדיר שעמד בחלקו, בטענה שיש חשש להתמוטטות.
כיום יש בוילנה כ-4000 יהודים, חלקם לומדים בשני בתי ספר יהודיים. בית הכנסת "טהרת הקודש" פעיל ומתקיימות בו תפילות פעמיים ביום. הקהילה היהודית יוזמת פעולות שונות, במיוחד בקרב הצעירים. בית חב"ד מפעיל גם כן פעילות דתית,חינוכית וקהילתית ומתקיימות בו תפילות בשבתות וחגים.
ספרים שיצאו לאור על קהילת וילנה
הרחבה על קהילת וילנה
אטקס, עמנואל: יחיד בדורו –
הגאון מוילנה, ירושלים תשנ"ח.
אטקס , עמנואל: ליטא בירושלים, ירושלים תשנ"ב.
ארד, יצחק: וילנה היהודית במאבק ובכליון, יד ושם ואונברסיטת תל אביב
1976.
ברוידס, יצחק: אגדות ירושלים דליטא, תל אביב תש"ו.
ברוידס, יצחק: וילנה הציונית ועסקניה, תל אביב ת"ש.
דבורז'צקי, מאיר: ירושלים דליטא במרי ובשואה, ירושלים תשי"א.
דבורז'צקי, מאיר: החיים הדתיים בגטו וילנה, "סיני" כרך
מ"ז תש"ך.
השל, אברהם יהושע: ירושלים דליטא מאויר ומתועד בידי לייזער ראן: , ניו יורק תשל"ד.
זלקין, מ זלקין, מרדכי: היכל ההשכלה, תל אביב 2008.
זלקין, מרדכי:
מגנזי וילנה, ירושלים תשס"א.
לוין, דב: לוחמים ועומדים על נפשם, יד ושם והאונברסיטה העברית
תשל"ב.
לונסקי, חייקל: מהגיטו הוילנאי – טיפוסים וצללים, וילנה 1921.
לנדוי, בצלאל:הגאון החסיד מוילנא, ירושלים תשל"ח.
סובול, יהושע: גטו, תל אביב תשנ"ג.
סוצקובר, אברהם: גטו וילנה, תל אביב
תש"ז.
סוצקובר,
אברהם: הלילה הראשון בגטו , הוצאת עם עובד
עינת, אהרן: החיים הפנימיים בגטו וילנה , חיבור לשם קבלת תואר
דוקטור, ירושלים 2006.
קלויזנר, ישראל: בית העלמין הישן, וילנה תרצ"ה.
קלויזנר, ישראל: וילנה ירושלים דליטא, דורות ראשונים 1881-1495,
תשמ"ט.
קלויזנר, ישראל: וילנה ירושלים דליטא, דורות אחרונים 1939-1881,
תשמ"ג.
קלויזנר, ישראל: וילנה בתקופת הגאון, ירושלים תש"ב.
קלמנוביץ, זליק: יומן בגטו וילנה, תל אביב 1977.
קרקמן, יחזקאל: מוילנה "ירושלים דליטא" עד חיפה, תל אביב
תשס"ב.
קרפינוביץ, אברהם: סיפורי וילנה, תל אביב 1955.
ראן, לייזער: ירושלים דליטא – מאוייר ומתועד, ניו יורק תשל"ד.
ד"ר ישראל קלויזנר, קהילת וילנא, באתר דעת
על פרטיזנים בוילנה:
http://fcit.coedu.usf.edu/holocaust/gallery/p517.htm
http://www.jewishvirtuallibrary.org/jsource/Holocaust/Vilna3.html
http://www.paperclipdesign.com/docs/cd/cd_parts.htm
http://www.eilatgordinlevitan.com/vilna/vilna_pages/vilna_partisans.html
רשימותי לגיורא - חסיה טאובס - ורשבצ'יק - ילידת וילנה ' פעלה במחתרת: http://gioralist.blogspot.co.il/